| 1 | アリのなかま（羽アリ） | Formicidae | （後期中新世） |
| 2 | アスナロビシのなかま | Hemitrapa yokoyamae | |
| 3 | フジ | Wisteria floribunda | |
| 4 | フウ | Liquidambar formosana | |
| 5 | ハルゼミの１種（前翅） | Terpnosia sp. Aff. T. vacua | （後期中新世） |
| 6 | イタヤカエデのなかま | Acer subpictum | |
| 7 | カバノキのなかま | Betula nathorsti | |
| 8 | カエデの果実 | Acer sp. | |
| 9 | カメムシのなかま | Pentatomidae | （後期中新世） |
| 10 | ケヤキ | Zelkova serrata | |
| 11 | コンプトニア | Comptonia naumanni | |
| 12 | メタセコイア（１） | Metasequoia japonica | |
| 13 | メタセコイア（２） | Metasequoia japonica | |
| 14 | メタセコイア（３） | Metasequoia japonica | |
| 15 | ミツガノホタテ | Patinopecten chichibuensis mitsuganoensis | |
| 16 | ムカシブナ | Fagus palaeoclenata | |
| 17 | ナラのなかま（１） | Quercus sp. | |
| 18 | ナラのなかま（２） | Quercus sp. | |
| 19 | アスナロビシ | Hemitrapa trapelloides | |
| 20 | ニレバケヤキ | Zelkova ungeri | |
| 21 | オオミツバマツ | Pinus trifolia | |
| 22 | シナノキのなかま | Tilia sp. | |
| 23 | シロアリのなかま（羽アリ） | Isoptera | （後期中新世） |
| 24 | シロモジのなかま | Parabenzoin sp. | |
| 25 | シュロのなかま | Trachycarpus mioexcelsa | |
| 26 | トサミズキのなかま | Corylopsis sp. | |
| 27 | ユリノキのなかま | Liriodendron honsyuensis | |
| 28 | バカガイ類 | Mactra sp. | |
| 29 | ビカリア | Vicarya japonica | |
| 30 | ビカリア、ビカリエラ、ヘナタリなど | Vicarya yokoyamai、Vicaryella notoensis、cerithideopsilla yatsuoensis、etc. | |
| 31 | ビカリア（岐阜県） | Vicarya yokoyamai | |
| 32 | ビカリア（岡山県） | Vicarya japonica | |
| 33 | ビカリア（富山県） | Vicarya yokoyamai | |
| 34 | ビカリエラ | Vicaryella ishiiana | |
| 35 | ビノスガイ類 | Mercenaria sp. | |
| 36 | ダイオウシラトリ | Macoma optiva | |
| 37 | エグレギウスホタテ | Patinopecten egregius | |
| 38 | フナクイムシの生痕化石 | “Teredo”sp. | |
| 39 | グラビテスタテガキ（岡山県） | Crassostrea gravitesta | |
| 40 | グラビテスタテガキ（島根県） | Crassostrea gravitesta | |
| 41 | グラビテスタテガキ（広島県） | Crassostrea gravitesta | |
| 42 | ヒタチオビ類 | Fulgoraria sp. | |
| 43 | イガイ類 | Mytilus sp. | |
| 44 | イズラシラトリ（三重県） | Macoma izurensis | |
| 45 | イズモノアシタ | Cultellus izumoensis | |
| 46 | イズラシラトリ（奈良県） | Macoma izurensis | |
| 47 | ジンボエゾフネ | Crepidula jimboana | |
| 48 | カケハタサルボウ | Anadara kakehataensis | |
| 49 | カキミベッコウキララガイ | “Portlandia”kakimii | |
| 50 | カンポクヘナタリ | Cerithidea kanpokuensis | |
| 51 | キイキリガイダマシ | Turritella kiiensis | |
| 52 | クロセダニサルボウ | Anadara kurosedaniensis | |
| 53 | マガキ | Crassostrea gigas | |
| 54 | メイセンタマガイ（滋賀県） | Euspira meisensis | |
| 55 | メイセンタマガイ（三重県） | Euspira meisensis | |
| 56 | ミノムラサキガイ | Hiatula minoensis | |
| 57 | ミサトツノガイ | Laevidentalium misatoensis | |
| 58 | ミツガノリュウグウハゴロモ | Periploma mitsuganoense | |
| 59 | ミヤムラアサリ | Ruditapes miyamurensis | |
| 60 | モデスタエゾボラ | Neptunea modesta | |
| 61 | ムカシキサゴ | Protorotella yuantaniensis | |
| 62 | ノムラカガミガイ | Phacosoma nomurai | |
| 63 | ノムラカガミガイとナカムラスダレハマグリ | Phacosoma nomurai and Nipponomarcia nakamurai | |
| 64 | ノトビカリエラ | Vicaryella notoensis | |
| 65 | オキシジミ（岐阜県） | Cyclina japonica | |
| 66 | オキシジミ（富山県） | Cyclina yatsuoensis | |
| 67 | オキシジミ（京都府） | Cyclina japonica | |
| 68 | オオキララガイ | Acila submirabilis | |
| 69 | オオノガイ | Mya cuneiformis | |
| 70 | オウナガイ類 | Conchocele sp. | |
| 71 | サガキリガイダマシ（京都府１） | Turritella sagai | |
| 72 | サガキリガイダマシ（滋賀県） | Turritella sagai | |
| 73 | サガキリガイダマシ（京都府２） | Turritella sagai | |
| 74 | サルボウ類 | Scapharca cf. Abdita | |
| 75 | サザナミソデガイ | Acilana tokunagai | |
| 76 | センニンガイ類？ | Telescopium（?）sp. | |
| 77 | シオガマフミガイ（京都府） | Cyclocardia siogamensis | |
| 78 | シオガマフミガイ（三重県） | Cyclocardia siogamensis | |
| 79 | シラトリアサリ | Siratoria siratoriensis | |
| 80 | スタックヒルギシジミ | Geloina stachi | |
| 81 | タテイワイア | Tateiwaia tateiwai | |
| 82 | タテイワイア | Tateiwaia yamanarii | |
| 83 | トガリフジタバイ | Ancistolepis togariensis | |
| 84 | トクナガスエヒロキヌタレガイ | Acharax tokunagai | |
| 85 | ウエツキミミエガイ | Arcopsis uetsukiensis | |
| 86 | ウソシジミ（岐阜県） | Fellaniella usta | |
| 87 | ウソシジミ（京都府） | Fellaniella usta | |
| 88 | ヤマネヒルギシジミ（富山県） | Geloina yamanei | |
| 89 | ヤマネヒルギシジミ（島根県） | Geloina yamanei | |
| 90 | ヤツオヘナタリ | Cerithideopsilla yatsuoensis | |
| 91 | ヤツオミミエガイ | Arcopsis yatsuoensis | |
| 92 | ヤツオオカミミガイ | Ellobium yatsuoensis | |
| 93 | ヨコヤマリュウグウハゴロモ | Periploma yokoyamai | |
| 94 | 二上山の岩石（石切場火山岩） | | |
| 95 | 二上山の岩石（春日山火山岩） | | |
| 96 | 二上山の岩石（明神山火山岩） | | |
| 97 | 二上山地質模型 | | |
| 98 | 二上山の岩石（雄岳火山岩） | | |
| 99 | 二上山の岩石（鹿谷火山岩） | | |
| 100 | アネクテンスゾウ（上顎骨・下顎骨） | Gomphotherium annectens | （前期中新世） |
| 101 | デスモスチルス（右下第１大臼歯） | Desmostylus hesperus | 束柱目（中新世） |
| 102 | デスモスチルス（犬塚復元） | Desmostylus mirabilis | 束柱目（中期中新世） |
| 103 | デスモスチルス（長尾復元） | Desmostylus mirabilis | 束柱目（中期中新世） |
| 104 | デスモスチルス（頭骨） | Desmostylus cymatius | （中期中新世） |
| 105 | ヒラコドン（左下顎骨） | Hyracodon sp. | （漸新世） |
| 106 | カニサイ（左下顎骨、第２、第３大臼歯） | Chilotherium pugnator | （前期中新世） |
| 107 | カニサイ（左下顎骨、第４小臼歯・第１大臼歯） | Chilotherium pugnator | （中新世） |
| 108 | メソヒップス | Mesohippus bairdii | （漸新世） |
| 109 | シュ-ドラチデンスゾウ（上顎骨・下顎骨） | Eostegodon pseudolatidens | （前期中新世） |
| 110 | ウマ（右前足） | Equus caballus | |
| 111 | グリーンタフ（緑色凝灰岩） | Green-tuff | |
| 112 | 方鉛鉱 | Galena | |
| 113 | 閃亜鉛鉱 | Sphalerite | |
| 114 | 黄鉄鉱 | Pyrite | |
| 115 | 閃亜鉛鉱・黄鉄鉱・水晶 | | |
| 116 | 黒鉱 | Black ore | |
| 117 | 黄銅鉱 | Chalcopyrite | |
| 118 | フミガイのなかま | Venericardia subnipponica | （漸新世） |
| 119 | 貨へい石（１） | Nummulites sp. | 天草下島（始新世） |
| 120 | 貨へい石（２） | Nummulites gizehensis | エジプト（始新世） |
| 121 | 貨へい石（３） | Nummulites sp. | インドネシア（始新世） |
| 122 | 貨へい石（４） | Nummulites boninensis | 小笠原母島（始新世） |
| 123 | 貨へい石（５） | Nummulites gizehensis | リビア（始新世） |
| 124 | カキのなかま | Ostrea eovivularis | （始新世） |
| 125 | モシオガイのなかま | Crassatellites yessoensis | （始新世） |
| 126 | ザルガイのなかま | Nemocardium ezoense | （始新世） |
