第一収蔵庫は魚や爬虫類などの脊椎動物，甲殻類・貝類などの無脊椎動物といった動物分野の標本が保管されています．これらは普通，ホルマリンで固定した後70％アルコールに漬けた「液浸標本」として保管されています． 　棚に見える横棒は標本の転落防止．幸い1995年兵庫県南部地震の時も標本に被害はありませんでした．

博物館の標本の中でも特に重要なのが「模式標本」（タイプ標本ともいう）．新種記載の根拠となるものです．普通の標本とは別に管理され，当館では赤いラベルを付けて区別しています．写真は「博物館探検コース」で裏方を見学している小学生たち．

ヨコワマグロの名で流通するコシナガ． 　大きな生き物を標本にする場合，一番上の写真の棚にあるようにポリ容器で保管されるものや，もっと大きな標本は1トンはいる水槽の中でホルマリン中で保管されるもの（サメの仲間など）もあります．

貝類標本は昆虫同様引き出し式のケースで保管されています．

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